In particolare troviamo la Cappella "Carafa" (i cui affreschi furono realizzati verso la fine del '400 per l'allora cardinale "Oliviero Carafa"), la "cappella dell'Annunziata" e quella di "Aldobrandini" (queste ultime realizzate nei primi anni del XVII secolo), nonché la cappella di San Raimondo di "Peñafort". Proprio in quest'ultima è presente un prestigioso affresco caratterizzato dalla raffigurazione del Cristo vivente tra due angeli, nonché del monumento di un famoso cardinale: Giovanni Diego de Coca, deceduto nel corso del 1477. L’opera è posta nella cappella di "San Raimondo di Peñafort", creata da un artista parimenti sepolto nella chiesa: Andrea Bregno. La basilica, oltre alle opere d’arte e agli affreschi di immenso valore culturale presenti all'interno delle varie cappelle, contiene alcuni importanti monumenti funerari, tra cui in particolare quelli dei genitori del papa Clemente VIII "Aldobrandini" (sulla parete sinistra della cappella Carafa, in particolare, è possibile vedere il monumento funerario di "Paolo IV Carafa", di notevole bellezza). Notevoli sono i dipinti presenti nell'edificio, tra quelli più belli e degni di menzione troviamo l'opera di Federico Barocci, collocato sulla facciata dell'altare. Un’altra cappella laterale di grande bellezza è rappresentata dal battistero, caratterizzata dalla presenza di una tela raffigurante il "Noli me tangere": un’opera rinascimentale del vercellese Marcello Venusti, che unita alle eleganti decorazioni ivi presenti rendono questa parte della basilica degna di nota. La terza cappella della navata presente nella basilica contiene una raffigurazione di Cristo Salvatore. Al di là della innegabile bellezza delle cappelle laterali, l’edifizio si presenta complessivamente caratterizzato da importanti opere realizzate nel corso del quattrocento e del cinquecento a contenuto commemorativo: ripercorrendo la basilica si possono vedere infatti numerose lastre funerarie (tra cui quelle di Beato Angelico), e statue di grande valore, come quella del del Cristo portacroce realizzata da Michelangelo (tra gli artisti a cui si deve la creazione delle opere funerarie e cenotafi presenti nella struttura troviamo nomi importanti, come ad esempio quello di Gian Lorenzo Bernini). Sull’altare maggiore della basilica si può ammirare il sepolcro di Santa Caterina di Siena (nella parte sottostante dell’altare in particolare, realizzato in stile neogotico, sono stati depositati i resti della stessa, a cui tuttavia mancano un dito e il teschio depositati a Siena, all’interno della basilica di San Domenico). Numerosi sono i monumenti funerari di papi e cardinali all'interno della basilica, in particolare nell’abside, messo in luce da tre bifore, in cui si trovano bellissime raffigurazioni dei papi Leone X e Clemente VII (al suo interno è possibile vedere anche un monumento di Paolo IV, del papa Urbano VII e di Benedetto XIII).